본 자연정화처리공법은 생물학적 처리공정 내에 미생물 배양조를 설치하고 배양조 내에 토양성 미생물균류를 형성시키는데 적합한 환경조건이 될 수 있도록 pellet과 stone이 충진된 지상형 및 수중형 반응기(bio reactor)를 부설한다, 이와같은 조건들 속에서 토양미생물균이 활성배양되며, 배양된 미생물들을 침사지,유량조정조,협기조등에 일정량 반송시키면 토양성미생물균류의 배설물과 오염물질이 결합,응집 및 축중합 등의 복합적인 기능에 의해 거대분자화되면서 제거효율상승, 슬러지 안정화, 악취제거등이 이루어진다.
이 설비에 고도처리가 가능하도록, 전단부에 혐기조를 설치하고 포기조는 간헐적으로 산소를 공급하여 운전함으로써 질소 및 인의 제거뿐만 아니라 처리시설의 악취제거가 가능하다, 혐기조는 산소공급없이 교반만을 실시하여 탈질화 및 인제거 미생물의 인방출을 유도하며, 간헐포기조는 간헐적(20분,30분,40분,60분등)으로 산소를 주입함으로써 유기물제거, 질산화, 과잉인섭취를 유도하여, 비포기시 탈질화를 통해질소 및 인의제거, 즉 고도처리를 가능케할 수 있다.